Для того что применить к всем пользователям патч нужно создать файл на сервере (к примеру в корне) с именем к примеру
pathc.patch. Текст в файле, в нашем случаи можно взять, здесь https://www.drupal.org/files/issues/SA-CORE-2014-005-D7.patch
И зайдя через SSH выполнить команду
for i in /home/www/*/data/www/* ; do cd "$i"; echo "$i"; patch -p1 < /patch.patch; done
Путь конечно же под ваш сервер, у меня первая звездочка это пользователи на сервере, вторая сайты.